При оформлении заказа группа покупателя, указанная в настройках модуля как Значение по умолчанию - применяется сразу же при загрузке страницы, а не после регистрации, как было бы логично.
У меня стоит скидка для зарегистрированных пользователей. Две группы: Гость (По умолчанию) и Зарегистрированный. При регистрации Значение по умолчанию - Зарегистрированный.
В результате при оформлении заказа даже у незарегистрированного пользователя оказывается группа Зарегистрированный и, соответственно, скидка на товар.