Было бы прекрасно, если бы вы еще показали эти самые "неканонические" страницы.
Приведу некоторые примеры.
Например, есть каноническая страница http://kupident.ru/%D1%81_root1 (Кстати, у вас бува "с" написано по русскому в URL) У данной страницы тег:
<link href="http://kupident.ru/с_root1" rel="canonical" />
А теперь посмотри на эти страницы:
http://kupident.ru/endodontiya/%D1%81_root1
http://kupident.ru/rentgen/%D1%81_root1
http://kupident.ru/kompressory/%D1%81_root1
http://kupident.ru/endodontiya/%D1%81_root1
+ каждую страницу мы можем открыть с www http://www.kupident.ru/endodontiya/%D1%81_root1
+ или поставить слэш на конце http://www.kupident.ru/endodontiya/%D1%81_root1/
Для поисковой системы, все эти страницы - разные, т.к. они доступны по разным ссылками (даже если на конце стоит/не стоит слэш, или поддомен www.)
Но, на каждой этой странице есть тег <link href="http://kupident.ru/с_root1" rel="canonical" /> , который говорит поиску "не, это страница http://kupident.ru/с_root1, просто она доступна по разным URL". В итоге, в поиске будет одна страница, которая указана в теги.
Вам предстоит большая работа, т.к. "косяков" у вас более чем достаточно. Одна страница - один урл. (Есть слэш/нету, есть www/нету)
И этот тег надо использовать в самых крайних случаях.
Например для страниц с категориями:
Вот страница, которая должна попасть в индекс: http://kupident.ru/endodontiya
Вот страницы, которые не должны попасть в индекс:
http://kupident.ru/endodontiya?sort=pd.name&order=ASC
http://kupident.ru/endodontiya?sort=pd.name&order=DESC
http://kupident.ru/endodontiya?sort=pd.name&order=DESC&limit=100
и т.п.
Все эти страницы с одинаковым контетом, но у всех разных URL.
Но на страницах категорий у вас нету тега rel="canonical".
Фух...надеюсь понятно.