Тут дело в понимании логики работы магазина. Если в прайсе цена ноль, по какой стоимости будет у вас товар, даже если загрузится? Ответ - ставьте любую цену(отразится у вас на сайте) вручную в прайсе и грузите.
Если количество ноль, то поставьте вручную на те товары которые "ждать 2-3 дня" например количество 777 (чтоб самим не забыть) и грузите. Но у опенкарта либо есть товар, либо нет, отсюда и статусы - в наличии или нет=ожидание=предзаказ. Выйти из ситуации можно, сделав в прайсе самому колонку со значением UPC, где напишите значение Ожидание 2-3 дня, форме АОП ее указать и грузить. На витрине у вас в карточке товара должно выводиться значение поля UPC. (Смотри шаблон или спец модификатор).
АОП загрузит все, что скормите. Дальше через инструменты в нем играйте с остатками и ценами.