Официальная рекомендация яндекса
От себя хочу сказать, что иногда можно и один домен неплохо продвинуть по многим регионам, даже не обязательно клепать отдельные поддомены и сайты. Если будете делать сайт, то, просто добавляйте везде упоминания продвигаемого города (в мете, в текстах, в контактах) это даст возможность разделить поисковику эти сайты и они будут ранжироваться в разных регионах хорошо, к тому же не забывайте указывать каждый сайт в вебмастерке и регистрировать в я.справочнике. В Google же нельзя напрямую указать геопринадлежность, и там будет работать только указание региона на страницах(ну и google бизнес немного решает), как я писал выше. Тут собственно 2 путя в итоге
1. Оставляете один домен, регистрируете его в я.каталоге, я справочнике указывая все филиалы
2. Делаете на сайт(либо поддомен), в контенте указываете принадлежность + в вебмастере, я.справочнике, g. бизнесе указываете адреса для каждого региона и сайта(поддомена) отдельно