База то отакі пункти +-
- Регулярно "тюнити" сервер по мірі росту магазину, якщо ще не зроблено то перейти на Nginx + PHP-FPM
- Викинути модулі які роблять важкі запити і знайти/зробити їм оптимальну альтернативу, розумно підійти до кешування
- доставити індекси до таблиць де треба, по можливості полегшити важкі і часто використовувані запити, останнє зазвичай більше ефекту дає
- аналіз коду який працює не оптимально і його покращення
Це все комплексні роботи які швидко отак не робляться тому що магазини бувають різні, та і все інше теж. Того і не існує нормального універсального рішення, є тільки кешери які можуть сховати проблему, і аж ніяк не вирішити її