А какую ошибку выдает? Скорее всего не хватает прав у пользователя, которым подключаетесь к БД. Если у Вас хостинг, а не выделенный сервер, то скорее всего Вам не дадут таких прав т.к. сервером баз данных пользуетесь не только Вы, но и другие кленты и тогда Вам надо обращатся в техподдержку, чтобы они сами включили лог и тогда там надо согласовать работу Вас и техподдержки. Техподдержка должна включить лог, а Вы должны выключить кэш на сайте и походить по нему, чтобы пошли тяжелые запросы.
Да это секунды, Я обычно начинаю с 3 сек. и уменьшаю постепенно 2,1... В документации написано, что можно указывать вплоть до микросекунд, но примера нет, видимо дробной часть. А для оценки нормальных запросов можно взять такую величину, например загрузка страницы 500 мсек я думаю более менее нормально, дак вот за эти 0.5 сек. должен успеть отработать веб-сервер и php и все sql запросы на этой странице. Дак вот сколько на странице sql запросов бывает, как Вы думаете?
Ну пусть запросы это 70% от всего времени загрузки страницы 0.5*0.7=0.35 сек. на все запросы на странице, ну т.е. нормальные запросы должны выполнять за сотые секунды, поэтому если что-то переваливает даже за 1 сек. уже беда, а если за 3 сек., то подавно.