1. В вашем случае редиректов делать не надо, 404 ошибки сами уйдут постепенно. Но сразу говорю что яндекс вебмастер долго хранит о них информацию
2. ТИЦ это уже много лет не влияющая на ранжирование сайта характеристика. Он влияет только на ранжирование в Яндекс Каталоге. Самостоятельно лучше не рискуйте приобретать ссылки, если только крауд маркетингом по форумам и т.п., а то схлопочете фильтр
Сам по своему опыту замечал, что ПФ в гугле не учитывается. Хотя не так давно читал статейку на англоязычном сайте, где человек писал что все таки учитываются, и приводил в пример то, что гугл закупал патенты связанные с учетом ПФ. Хотя все верно, официальная позиция гугла что ПФ слишком шумный фактор и они его не учитывают.
Не знаю как за последнее время изменились сроки, но раньше было примерно полгода (выход из-под санкций ПФ). Работал с сайтом, который ко мне уже пришел с этим фильтром. В целом по своему опыту и по опыту других людей судя, действительно крайне редко накладывается фильтр за ПФ, если сам человек не заказывал накрутку. Чаще всего если человек говорит что они ничего там не крутил, он лжет (у меня был такой заказчик как раз, который скрыл факт накрутки)