Спасибо за направление! Но все же не могу пока решить, уже столько гуглила... В учете в заказе включено.
Дело в том, что баллы начисляются не на конкретный товар, а за подписку, предусмотренную в самом шаблоне. И, понятно, что только тем, кто подписался, ко всем доступным товарам. Сейчас получается, что надо прописать в товаре 50 и только тогда в корзине появляется строка Применить. Либо создать новую группу и вручную переводить тех, кто подписался (не пробовала, но это нелогично в плане функционала).
ПС. На демо-сайте это не работает (либо не настроено/подключено?) Кто-то вообще этим пользуется, работает? Вещь нужная и долго ожидаемая, в итоге на рабочем магазине пришлось отключить из-за недовольства покупателей(.