Это не проблема. Так и должно работать. Выводит по 5 вариантов. Если посмотреть в функцию autocomplete в admin\controller\catalog\filter.php
public function autocomplete() {
$json = array();
if (isset($this->request->get['filter_name'])) {
$this->load->model('catalog/filter');
$filter_data = array(
'filter_name' => $this->request->get['filter_name'],
'start' => 0,
'limit' => 5
);
$filters = $this->model_catalog_filter->getFilters($filter_data);
foreach ($filters as $filter) {
$json[] = array(
'filter_id' => $filter['filter_id'],
'name' => strip_tags(html_entity_decode($filter['group'] . ' > ' . $filter['name'], ENT_QUOTES, 'UTF-8'))
);
}
}
$sort_order = array();
foreach ($json as $key => $value) {
$sort_order[$key] = $value['name'];
}
array_multisort($sort_order, SORT_ASC, $json);
$this->response->addHeader('Content-Type: application/json');
$this->response->setOutput(json_encode($json));
}
то видно, что лимит (limit) выборки фильтров равен пяти. И результаты будут не из категории к которой присвоен товар, а все. Если хотите чтоб работало как-то иначе, то нужно переписывать контроллер и модель продукта