Странно, абсолютно такая же ошибка.
[Sat Jan 28 08:02:55 2017] [error] [client 213.191.13.96] PHP Fatal error: Call to a member function addPermission() on a non-object in /var/www/***9/data/www/***/admin/controller/extension/module/seogen/install.php on line 74
Дело вовсе не в сервере.
Посмотрел строки:
$this->model_user_user_group->addPermission($this->user->getGroupId(), 'access', 'module/seogen');
$this->model_user_user_group->addPermission($this->user->getGroupId(), 'modify', 'module/seogen');
Снес обе строки - полет нормальный. Права выставить можно и ручками =)