Добрый день. Видимо Вы имели ввиду прошлая версия шаблона, а не темы. Первое, что нужно - обязательно забекапьте полностью Ваш сайт (каталоги и базу данных). Если знаете, что меняли и в каких файлах, то сохраните эти файлы отдельно в папку на компьютере, а также сохраните свои CSS в отдельный текстовый файл. Затем по инструкции обновите шаблон. Поставьте на свой ПК программу бейонг компаре или подобную, умеющую сравнивать тексты кода двух файлов. Скачайте с сайта файлы в которые Вам нужно внести изменения в код в отдельную папку. Программой бейонг компаре открывайте пары файлов - старые, которые Вы сохранили, с внесенными в код Вашими правками и новые версии из нового шаблона. Ищите нужные изменения и вносите их в новые файлы. После последовательного внесения Ваших изменений кода во все файлы залейте их обратно на сайт. Рекомендую родные файлы нового шаблона при заливке не заменять, переименуйте их, вдруг что-то накосячите. Все это криво, конечно, лучше найти Ваши изменения в коде файлов и сделать модификаторы. Насколько я знаю, полно фрилансеров на форуме, готовых за денежку Вам помочь.