Здравствуйте, такой вариант работы не тестировался, но я сейчас просматриваю код модуля обработки товаров в заказе в функции queryOrders().
Там если ранее товар не был загружен на сайт, то таблица product_to_1c будет пустая и функция getGuidByProductId() вернет пустую строку.
Товары в итоге выгрузятся в 1С.
Если у Вас ошибки при вызове функции получения заказов queryOrders(), значит надо смотреть еще лог ошибок сервера error.log, в котором фиксируются фатальные ошибки при выполнении php кода или SQL запроса. При ошибках в SQL запросе в логе opencart последняя запись будет строка запроса и далее завершение обмена, а в логе веб сервера будет подробно расписано в каком файле, стек вызова функций, номер строки и описание ошибки.
Если лог веб сервера Вы не нашли обратитесь в поддержку Вашего хостинга.
Лучше всего включите лог в режиме отладка+запросы (в настройках модуля обмена в админке), обнулите лог через FTP в папке /system/storage/logs, и запустите обмен, сохраните лог и покажите последние строчки