Понял Вашу мысль, но тем не менее отвечу.
Первое. Не пользуюсь категориями 3-го уровня, моему магазину достаточно двух, да и при использовании 3-го не нахожу проблем. По моему модуль категорий справляется с этой задачей разворачивая под категории.
Второе. На страницах оформления можно сделать карусельку сопутствующих товаров "С этим товаром берут так же...".
Третье. А что в этом странного? даже огромные магазины до которых и мне и Вам далеко используют быструю покупку и не обременяют покупателя регистрацией, так как например я покидаю магазины не из за проблем трех кликов а из-за навязывание регистрации.
В подобных анализах и клиентской базе не нуждаюсь, ибо знают зарание контингент покупателей, ассортимент товаров, подобный маркетинговый ход бесполезен в моем случаи ибо клиент может сделать индивидуальный заказ. Для остальной аналитики достаточно яндекс.метрики и гугла, в тч с (до) каких страниц уходит покупатель, и каким ассортиментом интересуется. Акцент на постоянных покупателей не ставится, скорее наоборот. Всю остальную аналитику, можно отслеживать без всяких регистраций.
По поводу остального, безусловно Вам решать как будет выглядеть Ваш шаблон, и конечно из за одного подстраиваться не стоит :) Просто я как бы обобщил, не понимаю зачем каждый делает шаблоны под копирку (не в Ваш огород) какой шаблон не возьми, и каждый применяет это горизонтальное меню, имхо бесполезное меню. Повторюсь если даже оно крайне необходимо, тогда не вижу смысла использовать блок категорий (модуль) и использовать контент во всю ширену.
Спасибо за внимание.