У Гугла нет понятия региональных (регионы одной страны) доменов! Вот это самый важный пункт, с которого нужно начинать обсуждения региональной привязки у Гугла.
Гугл предполагает, что могут быть отдельные версии сайта для разных стран, но не в пределах одной страны. И проблема именно в этом: нет возможности дать понять Гуглу, что все поддомены - это версии одного сайта для разных регионов.
https://support.google.com/webmasters/answer/182192?hl=en#2
Он, конечно, возьмёт во внимание, что у одного поддомена в контактах указан Киев, а у другого - Харьков, но есть вероятность, что один из этих поддоменов он вообще целиком под фильтр запихнёт увидев практически идентичный контент.
Ну, и по опыту могу сказать: Гугл отлично знает в каком я городе (о чём постоянно напоминает мне строкой под выдачей), но я уверенно могу сказать, что не вижу никакого преобладания местных магазинов над киевскими (и не только), хотя у меня тоже миллионник и магазинов полно. Хотя, конечно, сайты, который выбивают местных из ТОП10 (и даже из ТОП20 довольно часто) - это Розетка и другие подобного масштаба, так что ничего удивительного в этом нет, но это лишь доказывает, что чуда не будет и региональная привязка не спасёт, если по остальным параметрам сайт существенно отстаёт.
Что действительно имеет сейчас смысл для Украины, так это украинская версия (и Розетка ещё в начале года подсуетилась): тут и с Гуглом никаких проблем - языковые версии он отлично поддерживает и в пределах одной страны, и это просто возможность получить украиноязычный трафик, где конкуренция сейчас довольно низкая, так что есть шансы попасть в ТОП10 даже по ВЧ запросам без лишних извращений.