В админке, в разделе Система - Настройки, во вкладке Опции , ближе к середине страницы есть блок статусов заказа , Статус обрабатываемого заказа и Статус завершенного заказа, если они разные, ну например статус обрабатываемого заказа "В обработке" , а завершённого "Сделка завершена", то магазин как бы резервирует товар на складе, даже если он был кем положен в корзину и оформлен к покупке. И только когда администратор магазина руками укажет, что статус данного товара переведён в "Сделка завершена" , товар будет списан (и если количество его было 1, то станет ноль)....
Если в вашем случае товар штучный в магазине и нужно сразу его списывать, сделайте в первом блоке статус у обрабатываемого заказа таким же как у завершённого. Тогда после оформления заказа покупателем, товар сразу будет списываться и так же сразу будет изменяться и его количество.