Была похожая проблема.
Обратите внимание на количество таких запросов.
У меня применялся шаблон, в котором модуль категорий в виде бокового меню строился нестандартно (Родительская категория -> Дочерняя -> Производители).
И для получения списка производителей, товары которых присутствуют в дочерней категории, использовались штатные методы, причем весьма не рационально.
В результате в цикле опрашивались все товары из категории.
Когда их было немного, то особых проблем не возникало, но когда их стало около 5000, то такое же количество запросов при построении меню начало загонять сайт в ступор.
Пришлось заменить этот глупый цикл на один единственный запрос и сайт зашевелился.
Для отладки запросов рекомендую Debug database queries, очень хорошая бесплатная штука!
Выводит все запросы на фронте и бэкэнде с возможностью сортировки по времени или порядку выполнения.
Можно выводить на экран и в лог файл.