Всё верно. Но и у этого есть преимущества.
В новом магазине выкидываем откровенный мусор из модулей и правок старого, которые оказались не столь актуальными как казались.
Новая версия имеет однозначно больше дополнений. Мало того, авторы новые версии снабжают более мощным функционалом, так как продукт их развивается вместе с самим движком.
Самый оптимальный вариант как по мне выглядит так:
Вы составляете себе некий список "must have" по модулям и функциям , которых нет в движке.
Уточняете у авторов модулей, не имеется ли у них обновлений до 2.3.
Если нет, то подыскиваете для начала аналоги.
Выбираете шаблон(как более бюджетный вариант смены старого).
Собираете все нужные модули и шаблон в архив.
Ставите на поддомене скажем тестовый магазин.
Остальное выглядит стандартно, обновили движок, закинули и настроили модули. Протестировали день-два и меняем местами со старым, предварительно сделав бэкап.
ТО есть по времени, "физически" вашего магазине не будет буквально час(или меньше) , пока вы удалите старые файлы и зальёте новые.А в момент обновлений и установок, основной магазин продолжает работать как и работал.