Проблему с robots для мультимагазина решил по этим рекомендациям, теперь возникла другая проблема, из за большого кол-ва товаров (около 70 000) пришлось делать статический sitemap, т.к. хостер задолбал угрозами отключить мой аккаунт из за огромной нагрузки на базу (яндекс бот заходил сразу на несколько поддоменов и грузил не по детски), поэтому сейчас карта сайта статическая, в виде файлов и выглядит так:
<sitemapindex xmlns="http://www.sitemaps.org/schemas/sitemap/0.9">
<sitemap>
<loc>https://site.ru/1.xml</loc>
</sitemap>
<sitemap>
<loc>https://site.ru/2.xml</loc>
</sitemap>
и т.д.
</sitemap>
</sitemapindex>
где распределено по 10 000 урлов.
Так вот, как сделать, что бы для каждого поддомена загружались свои адреса, например для поддомена Краснодара:
<sitemapindex xmlns="http://www.sitemaps.org/schemas/sitemap/0.9">
<sitemap>
<loc>https://krasnodar.site.ru/krasnodar1.xml</loc>
</sitemap>
<sitemap>
<loc>https://krasnodar.site.ru/krasnodar2.xml</loc>
</sitemap>
и т.д.
</sitemap>
</sitemapindex>