Я согласен с Томом - надо использовать Seo PRO, тогда сайт будет без дублей (а если использовать seo cms 5 pro, то никаких изменений в нем seo pro делать не надо, у seo cms 5 pro свой чпу формирователь).
А так google просто "запутался", вот и выпадают страницы. (часто наблюдал такое при дублях)
Дубли - очень плохо!
Поисковые системы запутываются, какой контент "главный" и начинают просто его выкидывать из индексации
Из за дублей pav-a блога, выпадают статьи, решается или редактированием seo pro или переходом на seo cms 5 pro
Кстати я в своем модуле seo cms 5 pro, делал SEO формирователь ЧПУ по принципу того, что не нашел как преобразовать url любым формирователем (не имеет значения seo pro или seo url, никаких изменений в них модуль не делает), обрабатывает своим, который сделан по принципам seo pro (т.е. без дублей)
В принципе "перебросить" статьи из pav-a в seo cms 5 pro не так уж и сложно (там всего-то в бекапе (т.е. сделали экспорт базы прямо из админки (бекап), изменили, и импорт измененной БД) нужно будет изменить названия таблиц pav-a на названия seo cms, и пару полей, методом CTRL->R :) ).
Правда может понадобиться шаблон немного адаптировать под вашу тему, но в seo cms можно прикреплять пользовательские шаблоны.
Вам решать.
Но Seo PRO надо ставить однозначно и избавляться от дублей pav-a blog!
Другого выхода из этой ситуации нет. :(