Почистить сайт от вирусов, найти источник заразы

[slawik0707]

Доброго дня!
столкнулись с такой проблемой в декабре 2018.
на сайте появились страницы с контентом, которого никогда не было и ссылки вели на несуществующие страницы.
Программист нашел причину - http://prntscr.com/nansav (слова прогера - Вообщем на сайт был залит вирус, я папочку откинул в сторону, если нужно будет посмотреть, так же было поменян htaccess, смысл был в том что бы внедряться в вывод сайта, и показывать своё.)
Как после выяснилось в январе 2019 сайт был почищен не полностью. Вирусом было создано много сайтмепов http://prntscr.com/nanusf, с которых редирект на тысячи мусорных страниц.
Убрали эти сайтмепы и остатки вируса, который их генерил.
В целом картина выглядит вот так за весь период после вируса - http://prntscr.com/nao140.
Не можем найти источник откуда эти страницы попадают в индекс. Если считать, что все удалили, то в течение месяца должно было все пропасть. Каждую неделю какое то кол-во мусора попадает в индекс. По всему 404 ошибка. 
Так как сайтмепы с левыми ссылками были сложены в папку sitemaps, то как вариант решили закрыть ее для роботов Disallow: /sitemaps/. 
Кто может помочь решить проблему окончательно?
Хостинг на VPS в Infobox. на хостинге есть другие сайте на опенкарте, модх и самописный.
Заранее спасибо!

Змінено 11 квітня 2019 користувачем slawik0707

[OCappLab]

Можете попробовать воспользоваться этим сервисом.