В общем, изначально вид был такой:
<li>
<?php if($use_ajax_login): ?>
<a id="a-register-link" href="<?php echo $register; ?>"><?php echo $text_register; ?></a>
<?php else: ?>
<a href="<?php echo $register; ?>"><?php echo $text_register; ?></a>
<?php endif; ?>
</li>
<li>
<?php if($use_ajax_login): ?>
<a id="a-login-link" href="<?php echo $login; ?>"><?php echo $text_login; ?></a>
<?php else: ?>
<a href="<?php echo $login; ?>"><?php echo $text_login; ?></a>
<?php endif; ?>
</li>
Теперь такой:
<li>
<?php if($use_ajax_login): ?>
<a href="<?php echo $register; ?>"><?php echo $text_register; ?></a>
<?php else: ?>
<a href="<?php echo $register; ?>"><?php echo $text_register; ?></a>
<?php endif; ?>
</li>
<li>
<?php if($use_ajax_login): ?>
<a href="<?php echo $login; ?>"><?php echo $text_login; ?></a>
<?php else: ?>
<a href="<?php echo $login; ?>"><?php echo $text_login; ?></a>
<?php endif; ?>
</li>
Не уверен, насколько это правильно и не возникнут ли в будущем какие-нибудь конфликты и ошибки, но пока всё работает, как нужно (хотя, если, например, оставить авторизацию попапом, а рег-ию страницей, то при нахождении на странице рег-ии и попытке открыть авторизацию, страница с рег-ей будто перекрывает этот попап). Огромное спасибо за помощь!