max_input_vars должен меняться в любом случае, не зависимо от режима работы php. Единственное, что на разных режимах работы
его по-разному необходимо менять. Всё зависит от того, как у вас настроено. Вполне могла быть ситуация, что тот php.ini, в котором
вы пытались поменять, не был задействован в действующей конфигурации. Можете попробовать вернуться обратно, меняя значения
переменной уже в нужном месте. Собственно можете попробовать менять его через .htaccess даже.
Да, на текущем сервере можно провести настройку и попробовать снизить потребление памяти, но это повлияет на производительность,
которая и так низкая (стандартные настройки)... то, что должно работать в памяти, будет работать с диском и т.д.
По поводу режимов работы php,если что-то и менять, то переходить на nginx+php-fpm, т.е отказываться от использования apache.
Использовать всякие cgi/fcgid/fastcgi режимы в связке с apache лишено смысла (исключение составляют технические сложности, когда на
сервере, например, несколько версий php и одна уже используется в режиме mod_apache. Другие альтернативные версии при этом можно
запустить лишь в других режимах)
В идеале 1гб мало, такая конфигурация подходит лишь для разработки. Как я уже писал выше, стандартные настройки не обеспечивают
должную производительность, а если понижать значения, то будет только хуже. Да, вопрос стоял совсем в другом. Но, повторюсь,
в идеале 1гб памяти мало, я бы посоветовал увеличить немного, хотя бы до 2гб, чтобы можно было выделить память туда, куда это
действительно необходимо и повысить общую производительность вашего сервера.