Немного некорректно некоторые называют кэш модификатора файлами модификатора, что ещё больше запутывает топикстартера.
upsound, в "двойке" есть система модификаторов OCMOD которая схожа с VQMOD в 1.5. Для внесения правок используются файлы модификаторов, или модификаторы (*.ocmod.xml) которые устанавливаются через админку. При нажатии на кнопку "Обновить кэш модификаторов" создаётся своеобразный кэш - файлы в которые добавлены правки заданные в файлах модификаторов (модификаторах). И в дальнейшем движок работает с файлами из кэша модификатора. Оригинальные файлы при этом не изменяются. Это очень важно для шаблонов или модулей которые регулярно обновляются.
Кто не знает об OCMOD правят файлы в кэше модификаторов и после обновления кэша все правки слетают. Видимо, ваш спец из таких. Этим и объясняется то, что его как подменили после перехода на 2.3. Но брать деньги за исправления своих же косяков - это сильно, конечно...
Посоветуйте ему почитать про OCMOD. Там ничего сложного нет и, думаю, он разберётся.