Главное в фильтрации для SEO, чтоб в индекс попадали только нужные страницы. Если вся фильтрация будет индексироваться то сайт станет помойкой, к тому же всякие лишние страницы забирают ресурсы робота и вместо того чтоб обойти быстро 10 000 страниц полезных, робот обходит еще 50 000 ненужных.
Но фильтрация должна быть в индексе, так как не все поисковые запросы можно посадить на страницы разделов. А значит идеальный вариант когда вся фильтрация закрыта метатегом "ноиндекс нофоллоу", а только исходя из семантического ядра открываются для индекса например 100 страниц фильтров (например кнопка "разрешить индексацию данного url"), на которых стоят свои уникальные заголовки и метаописания, свой текст описания категории, и реализована перелинковка на данные страницы фильтров.