взаимоисключающая ситуация
если бы действительно отключили или добавили в исключения - ничего бы никуда не попадало
как и что у вас на хостинге работает в плане антивирусной защиты - мне не ведомо
могу лишь предположить, что используют несколько уровней - один на уровне вашего аккаунта, и второй, глобальный
если так, то настраивать исключения нужно для всех уровней
его кодированные части с другими модулями никак не пересекаются
кодированные файлы неизменны и не меняются, вы всегда можете сравнить их с оригиналами из дистрибутива вашей версии модуля
при изменении кода в его защищенных файлах хотя бы на байт - работать не будет
в теории, злоумышленники могут попытаться подделать кодированный файл и заменить своим, но
1) для этого им нужен доступ к вашему сайту через админку/FTP или какие-либо бреши (слабые пароли, варез, уязвимости модулей/соседних сайтов и тд)
2) сам модуль при этом работать не будет
а имея такой доступ - не то что с модулем, с самим сайтом и его содержимым можно что угодно делать