Лично я с большими базами MongoDB дел ещё не имел пока что, для меня тоже MongoDB новая база.
Но, судя по новостям, когда постоянно находят открытые базы mongodb с миллионами записей, это не проблема у MongoDB, это уже проверенное временем решение и используется много где.
Вот есть статья про сравнение mysql и mongodb - https://habr.com/ru/post/322532/
Там хорошие примеры кода.
imho, основное - это формат данных - json
Раз весь проект на JavaScript и всё описывается в json формате, то логично и базу данных тоже использовать, которая изначально работает в json формате, просто так удобнее.
Единообразие кода.
Другой удобный момент MongoDB применительно к веб-сайтам, движкам, которые берутся за основу своих разработок, это так называемая schemaless база данных, т.е. отсутствие необходимости изначально создавать структуру таблиц, это добавляет гибкости в работе и это очень удобно если процесс изменений сайта, базы постоянный, постоянно добавляется таблицы, новые колонки в таблицы и т.д., очень удобно всё без необходимости добавлять/менять структуру таблиц.
В целом, в принципе, сейчас всё одинаково, по большому счёту, без разницы, sql, nosql. Для не сильно сложных проектов вообще не принципиальный вопрос, лично моё imho, какая база данных. Тут больше вопрос в удобстве и MongoDB отлично дополняет набор из api центричности, 100% js кода, react кода, т.е. MongoDB не выглядит каким-то инородным кодом внутри проекта со своим sql синтаксисом, как это было бы в случае с mysql.
Те же таблицы (коллеции), те же индексы в таблицах, те же запросы в базу insert, update, delete.
Просто в MongoDB всё это сразу идёт в json формате, запросы и ответы, без необходимости заранее определять структуру таблиц, полная свобода действий, ты просто не думаешь о базе своей, а занимаешься кодом, развитием проекта. Это очень удобно, особенно в случае api-центричного веб-приложения, когда постоянно добавляются новые методы в api, добавляется новая функциональность на сайт. Ты занимаешься именно развитием сайта, а не постоянными раскопками в таблицах, схемах таблиц, смотришь, а что можно записывать в эту колонку, можон ли сюда текст писать или только числа, влезет ли в колонку большой текст с описанием товара, или не влезет, и придётся лезить в базу данных и менять, к примеру, тип колонки с TEXT на LONGTEXT, что б всё поместилось, нужно чот-то добавить новое - опять придётся лезть с базу, добавлять тут колонку, добавлять там колонку, добавлять тут таблицу и т.д.
В MongoDB просто нет в этом необходимости, сразу пошёл писать код и сразу же всё появляется в базе, и новые колонки и новые таблицы.
Очень удобно, на самом деле.