За первоначальную связь САЙТ <-----------> 1С отвечают файлы которые находятся по пути /public_html/export/ там у вас должен находится файл .htaccess и его содержимое такое :
RewriteCond %{HTTP:Authorization} ^Basic.*
RewriteRule .* - [E=REMOTE_USER:%{HTTP:Authorization},L]
Файл .htaccess который находится в корне сайта мы не трогаем , работаем только в папке /export/.
Желательно найти нормальный файл .htaccess и заменить ваш в корне сайта , вы его замучали.
У меня два сайта на мирохосте работают по такому принципу .