В настройках Мой Склад можно выбрать только одну категорию (с иерархией).
В настройках же Opencart можно выбрать привязку одного товара к нескольким категориям.
Нужно, чтобы либо:
а) при выгрузке товаров категории, к которым относится данный товар не перезатирались вообще
либо более предпочтительный вариант
б) главная категория в Opencart перезаписывалась в соответствии с выбранной категорией в Мойсклад, настройка "показывать в категориях" в Opencart, оставались те галочки, которые были выставлены вручную, но к ним добавлялись бы родительские категории, в соответствии с иерархией категорий в "Мой склад"