Нет, это работает немного по-другому.
Вы можете сделать один общий фильтр с набором всех опций и атрибутов, и в каждой из категорий будут отображены только те фильтры, значение которых заполнено хотя бы в одном товаре категории. Если какой-то атрибут не заполнен ни в одном товаре категории, он не будет отображен.
Так же в настройках фильтра есть замечательный числовой параметр "Не выводить фильтр, если количество значений меньше, чем". Допустим, у всех товаров категории в определенном атрибуте только одно значение (у всех одинаковое) - то есть нет смысла фильтровать, и, если в настройках в этом параметре прописать число "2", то фильтрация по этому атрибуту уже не будет отображена.
По такому же принципу работает и для бОльших чисел - если в категории у всех товаров только 2 разных значения, а вы указали в параметре число "3", то фильтра по этому атрибуту не будет в категории. И т.д.