Ничего в общем не придумал лучше, чем после парсинга .csv прайса, выполнять скрипт по обнулению всех товаров количество которых равно 1.
UPDATE `oc_product` SET `quantity` = '0' WHERE `oc_product`.`quantity` = '1'
Все это выполняю с помощью CRON по очереди, сначала прайс гружу, потом sql скрипт выполняю.
А вообще можно просто скрыть все товары количество которых меньше или равно 1 и цена которых 0 р.
Для этого в файле: /public_html/catalog/model/catalog/product.php
Надо добавить везде где найдется WHERE p.status = '1' следующее WHERE p.status = '1' AND p.quantity > 1 AND p.price > 0 ,
где то 10-11 мест в этом файле надо поправить таким образом(все места где найдется WHERE p.status = '1'). Если надо спрятать количество товара = 0, то надо вставлять p.quantity > 0.
Кривой способ добиться того, что я хотел, но все же что-то.