Оригинальные файлы тоже лучше не трогать. Впоследствии это может выйти боком.
В Opencart есть, так называемые, модификаторы и кэш модификаторов. Эта фишка позволяет не изменять оригинальные файлы, а создавать файлы кэша с внесёнными изменениями. Очень полезная штука.
Но если в внести изменения непосредственно в файлы кэша модификаторов, то при обновлении кэша все правки действительно слетают.
И если разработчики, которые делали вам доработки, работали именно с файлами кэша, вместо того, чтобы написать модификатор, то всё будет как написали СЕО-шники. Но это может означить только то, что эти разработчики не знакомы с Opencart и модификаторами. И хорошо, что это всплыло сразу, а не когда-нибудь при установке очередного модуля. Вот был бы сюрприз...
Если всё действительно так, то нужно на основе их правок написать модификатор. Тогда при обновлении кэша ничего не потеряется.