Сейчас цены отображаются нормально - дала человеку посмотреть модуль Валюта Плюс, так он зачем-то основную валюту магазина поставил Евро, вот вы и видели в итоге цены совсем не те.
1. Пока привязки из настроек нет, есть только стандартные ограничения на обычные бандероли 2 кг, бандероли 1 класса 2,5 кг и т.д.
Ограничения в админке для каждого из видов доставки планирую сделать, меня уже спрашивали о том, чтобы не показывать, например, посылки, если вес меньше определенного значения.
Про упаковку не знаю как так сделать, если подскажете логику, то сделаю. :)
Для учитывания объемов товаров у меня есть модуль Габариты товаров, он совместим с Почтой России. С его помощью можно например разграничить какими способами отправлять разные виды товаров, например, крупногабаритные только посылками, а мелкогабаритные и бандеролями и посылками.
2. Привязки между способами оплаты и доставки настраиваются в Simple.