Вот и сделайте себе благое дело, как правило начинается оно (пункт 1) с чистого листика и спокойной обстановки, в которой вы сами себе составите список, только тех модулей и изменений для нового магазина, без которых продажи в вашем магазине затруднены. Остальное просто отметаете, как баласт.
Далее ставите на под-домене(тестовом домене), чистый движок, лучше если это 2.3 , ещё лучше если это Ocstore 2.3.0.2.3
Далее переносите свои данные, любым удобным способом, если нет таких навыков, просто делаете бэкап старой базы данных из "замусоренного" магазина, удаляете новую , созданную только что в новом магазине и импортируете старую.
Останется закинуть папку image/catalog и модули из вашего списка , составленного по пункту номер 1.
Тройка она больше для любителей острых ощущений и самоделкиных, которым очень нравится находить проблемы и исправлять, почему то считая, что именно это основное занятие , а не продажи.