Здравствуйте,
я протестировал у себя на тестовом сайте, вроде всё нормально:
https://yadi.sk/i/2HoIeRIwlEYsqg
Я сталкивался однажды с такой ситуацией:
Один из модулей доставки (или СДЭК или Боксберри или еще какой-то, точно не помню) складывал в сессию список ПВЗ которые доступны для способа доставки в данном населенном пункте.
На хостинге были ограничения на кол-во данных которые можно записать в сессию.
При переполнении сессии - хостинг резал данные, в том числе может порезать ID подарочного сертификата который лежит в сессии.
Ошибка проявлялась при дотавке в Москву, потому что там тысячи ПВЗ и они все писались в сессию.
Модуль Почта России - кладет мало данных в сессию (в параметры shipping_method и shipping_methods).
Но может быть это последняя капля которая переполняет чашу.
А основное кол-во данных забивает какой-то другой модуль доставки.
-------------
Для проверки 1
1) рассчитайте доставку в 2 города:
один Москва (где много ПВЗ) - должно порезать сессию
и второй - какой-нибудь небольшой город где нет ПВЗ или их мало - не должно резать сессию.
2) И попробуйте какой-нибудь другой модуль доставки отключить, а Почту России - оставить.