Я отказался от использования яндекс.кассы для банковских карт, так как очень высокий %, банковские карты принимаю через paykeeper (договор с Русским стандартом), интеграцию с кассой сделал через сервис от бухсофт http://www.buhsoft.ru/news/kak-otpravit-elektronnyj-chek-pri-onlajn-platezhe
Цена, что-то около 1500р в год, не 36000 как у АТОЛ.онлайн
Как реализовано... сервис от бухсофт представляет из себя мини сервер, который запускается через веб интерфейс на ПК на котором установлены драйвера кассы (у меня АТОЛ 55Ф), у paykeeper есть функция callback при оплате (такая же есть и яндекс.кассы, при желании)
1) информация об оплате приходит в интернет-магазин
2) интернет-магазин отправляет чек в облако бухсофт
3) бухсофт передает из облака чек на мини-сервер
4) мини-сервер на кассу и фискализированный чек отправляется в ОФД и покупателю
Есть еще одно решение - kkmserver.ru, суть такая же, почти бесплатно, но сложнее настраивать.
Минусы такой связки - низкая отказоустойчивость, если отключится интернет или эл-во в офисе, то касса работать не будет, но у бухсофта есть проверка, находится ли сервер онлайн, т.е. можно отключить оплату, если сервер выключен. Для маленьких магазинов, думаю это не критично.