Для начала указать версию движка, версию vqmod, выдаёт ли vqmod ошибки... Опции в фильтре не используются...
Читаете инструкцию, делаете устанвоку, заходите в "админка-доп-ния - модули - JV_Filter - фильтр товаров", кнопка "Создать таблицы". Там же задаёте настройки для вывода модуля.
Затем в "Каталог - Фильтр товаров. Там создаёте нужные параметры фильтра. Затем в "Каталог-товары-редактирование товара-вкладка опции фильтр". Там задаёте для конкретного товара конкретные параметры фильтра. Всё.
1) Фильтровать может свои опции фильтра, не "родные" опции движка.... По категориям - нет. Покупатель сам ходит по категориям, и в зависимости от категории, настроек опций фильтра, выбора этих опций в конкретном товаре, покупателю выводится текущий вариант фильтра.... Но Вы можете, например, создать в фильтре параметр "пол" со значениями "мальчик, девочка" и уже этот параметр присваивать нужным параметрам.
2) Все нюансы зависят от настройки опций фильтра... Там же выбирается категория, в которой будет отображаться/работать данная опция фильтра. Установите опцию фильтра для категории магазина "одежда" - эта опция фильтра будет отображаться в категории "одежда". Установите в категории "одежда" и в категории "девочки" - будет отображаться в обоих этих категориях...
В общем, экспериментируйте, выставляйте разные параметры фильтра, смотрите результат...