В общем получается так:
1. если сначала создать производителя в админке, потом сделать импорт с этими производителями, то все работает.
2. если сначала импортировать товары с производителями, которые еще не созданы в админке, то товары импортируются без производителей.
Если после этого создать производителей и сделать еще раз импорт, то они не применяются.
Если удалить все товары и импортировать заново, то производители не применяются.
Если удалить производителя, создать заново и сделать импорт - то опять в товарах его нет.
Получается, что не при каких обтоятельствах, я не могу очистить систему так, чтобы эти производители применились к товарам.
Если я создаю нового производителя и делаю с ним импорт, то он применяется.