Я посмотрел, действительно не писал остатки так как еще не определился как все это будет выглядеть.
В версии 1.6.3.9 реализовал отдельной функцией записью остатков в опции, то есть теперь остаток характеристики будет записан во опцию или опции, то есть если у характеристики несколько опций, то у них будут одинаковые остатки.
Нестандартная система для 1С, которая не совместима с логикой работы опций в opencart, поэтому то что я сделал пока буду считать временным решением.
Почему не совместима? Потому-что в 1С нет остатков у свойств характеристик, только у самой характеристики, а за это отвечает таблица в opencart product_quantity
Поэтому в карточку товара загружаются уже остатки каждой характеристики из таблицы product_quantity, дорабатывайте вывод для своего шаблона.
Чтобы остатки выводились в шаблон товара, модификатор (файл XML в комплекте дистрибутива, который устанавливается с модулем) в контроллере правит файл product.php.
Надеюсь понятно расписал, если непонятно спрашивайте.
Версию 1.6.3.9 на форум выложу чуть позже, когда обработаю все ошибки на текущий момент.