Про "вычитать со склада"... В файле catalog/view/theme/default/template/product/product.tpl ищите строку, содержащую:
<td class="left"><select name="product_option[' + option_row + '][product_option_value][' + option_value_row + '][subtract]">';
Сразу после этой строки будут ещё две:
html += ' <option value="1"><?php echo $text_yes; ?></option>';
html += ' <option value="0"><?php echo $text_no; ?></option>';
Вам нужно поменять эти две строки местами (либо поменять значения), чтобы получилось так:
html += ' <option value="0"><?php echo $text_no; ?></option>';
html += ' <option value="1"><?php echo $text_yes; ?></option>';
Должно сработать.
