Попробуйте так:
1. Система-Дизайн-Схемы, добавляем свою схему с любым именем.
2. Дополнение-Модули-Баннер-Изменить, в строке баннером, который будем привязывать к категории, выбираем в колонке со схемой имя той схемы, которую создали перед этим, расположение - левая колонка.
3. Каталог-Категории, выбираем для изменения категорию, к которой нужно привязать баннер. Заходим во вкладку Дизайн и выбираем там схему с именем, придуманным в первом пункте.
Таким образом баннер будет показываться в левой колонке только в определенной категории, для других баннеров операцию повторяем.
