Извините, не понимаю "все менеджеры, всех городов". Мультимагазинами я особо не занимался, поэтому точно ответить не могу.
Сравнил еще раз принцип отбора заказов в стандартном списке и в Менеджере - принцип такой же, только в Менеджере расширены фильтры. Могу только догадываться, что в вашем случае базы данных для каждого магазина отдельные, поэтому идет разделение, о котором вы говорите. Также, насколько я понимаю, магазины могут использовать одну базу данных, тогда в Менеджере добавлен фильтр по ID магазина (такой отбор в таблице заказов предусмотрен, есть отдельные колонки для id и url магазина). Поскольку "(через стандартную вкладку заказов они видят только свои)" то и в Менеджере должно быть тоже самое, но 1% сомнений у меня остается, просто не изучал подробно работу с мультимагазинами, делал по принципу работы файлов самого Опенкарта, чтобы не нарушать встроенных возможностей, а только их расширять. Пока с этим разбираться не буду, работаю над новой версией модуля, там посмотрим, а вы уже сами решайте, что с этим делать.