Не достаточно только файлы переименовать, надо и внутри файлов все названия контроллеров переименовывать и все связи между файлами (вызов методов) тоже придется переименовать..
К тому же dostavkaplus.sh2 это плохое название (не должно быть две точки в названии файлов) лучше называть в dostavkaplus_2 или вообще что-нибудь другое, например, courierplus. Название контроллера ControllerShippingdostavkaplus.sh2 вряд ли системой предусмотрено корректно, а название контроллеров всегда в Опенкарте соотв. названию файлов. Вообще, если не можете самостоятельно сделать клон, так закажите кому-нибудь, есть же тут люди на форуме в соотв. разделе.
Но, хочу сказать, что этот модуль сделан для того, чтобы как раз и не надо было клонов-то делать, а все нужные способы доставки заводить в одном модуле и по-хорошему уж если на то пошло это надо дорабатывать модуль разных доставок для разных товаров, чтобы он мог обрабатывать множественные способы доставки, которые Опенкартом изначально предусмотрены.