"Дополнительная плата за обработку и отправку заказа" - это не те самые 4%, которые почта берет за оплату наложенным платежом. Это совсем разные вещи! Это конечное число или процент от стоимости корзины, который вы зададите. Это по сути плата за ваше время, когда вы собираете заказ и соотв. можете там ставить число, которое оценивает это время. К наложеному платежу это не имеет совершенно никакого отношения. Почему у вас 4% от 10000 получаются не 400 - думаю вы куда-то не туда смотрите, или что-то у вас задано не так.
А 4% за наложку модуль умеет отображать отдельно в описании к видам отправлений (нужно поставить соотв. галочку в настройках "Отображать размер наложенного платежа в описании доставки"), которые идут с объявленной ценностью (у вас же в корзине вижу просто отправления без этой объявленной ценности - для них модуль не считает эти 4%, потому что вы наложкой их не сможете отправить). Сумма равная этим 4% не должна входить в стоимость доставки (т.е. галочку "Суммировать сумму наложенного платежа с суммой доставки" не нужно ставить, так было раньше, но это не правильно), потому что иначе чел. заплатит сумму равную этим 4% два раза и вам, а потом еще на почте, что неправильно. Ну, и отображаться это в описании будет только после того, как в корзине был выбран соотв. способ оплаты, то есть тот, который вы в настройках выбрали для "Способ оплаты для наложенного платежа"