Для seo лучше показывать товары не в наличии в листинге, сделайте сортировку вконце и уберите кнопку купить или замените на уведомить о наличии + затемнить картинку можно.. К тому же если вы собираетесь использовать seo-фильтр, то у вас будут пропадать посадочные страницы.
Прикиньте, что вы создали посадочную страницу под высокочастотный запрос к примеру, категория "Видеокарты" + хар-ка "Назначения: Для майнинга" но у поставщика закончился нужный товар из-за большого спроса. Позиции в ПС не хочется терять? А пауку нельзя отдавать пустую страницу, даже если и с описанием.
Использовал MegaFilterPro на oc1.5, там есть настройка "по-умолчанию зажать фильтр В наличии", сейчас переезжаю на opencart.pro 2 + ocfilter решил что лучше товар не в наличии сортировать вконце листинга.
Ставьте модуль кеширования. У меня интернет магазин 10k товаров, 2200сеансов в день, vps. Без модуля кеширования загрузка больших категорий доходила до 4500ms ttfb, PageSpeed давал оценку 30-40, после включения кеширования 30ms ttfb, PageSpeed 80-90. Еще на oc 1.5.6.4 покупал модуль Lightning, для oc2 еще есть модуль Turbo от команды opencart.pro, но я не пробовал