как подключить свой js ?

[Anton1988]

в header.twing есть такое 

 

{% for script in scripts %}
<script src="{{ script }}"></script>
{% endfor %}

 

откуда это  и в каком контроллере это находится?

[AlexDW]

использовать штатный функционал движка

$this->document->addScript('ваш_скрипт')

в нужном контроллере

 

смотрите например как сделано в catalog\controller\product\product.php