Всем спасибо за помощь. Действительно, невнимательно смотрел, куда добавляю, но не только в этом проблема.
Все вышеперечисленное важно.
Как то, что случайно можно добавить не в тот блок, так и сама строчка кода.
К примеру возьмем шаблон shipping_method.twig
{% if error_warning %}
<div class="alert alert-warning alert-dismissible"><i class="fa fa-exclamation-circle"></i> {{ error_warning }}</div>
{% endif %}
{% if shipping_methods %}
<p>{{ text_shipping_method }}</p>
{% for shipping_method in shipping_methods %}
<p><strong>{{ shipping_method.title }}</strong></p>
{% if not shipping_method.error %}
{% for quote in shipping_method.quote %}
<div class="radio">
<label> {% if quote.code == code or not code %}
{% set code = quote.code %}
<input type="radio" name="shipping_method" value="{{ quote.code }}" checked="checked" />
{% else %}
<input type="radio" name="shipping_method" value="{{ quote.code }}" />
{% endif %}
{{ quote.title }} - {{ quote.text }}</label>
</div>
{% endfor %}
{% else %}
<div class="alert alert-danger alert-dismissible">{{ shipping_method.error }}</div>
{% endif %}
{% endfor %}
{% endif %}
<p><strong>{{ text_comments }}</strong></p>
<p>
<textarea name="comment" rows="8" class="form-control">{{ comment }}</textarea>
</p>
<div class="buttons">
<div class="pull-right">
<input type="button" value="{{ button_continue }}" id="button-shipping-method" data-loading-text="{{ text_loading }}" class="btn btn-primary" />
</div>
</div>
Модификатор:
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<modification>
<name>test</name>
<version>1.0</version>
<author>test</author>
<link>test</link>
<code>test</code>
<file path="catalog/view/theme/default/template/checkout/shipping_method.twig">
<operation>
<search><![CDATA[
{% if shipping_methods %}
]]></search>
<add position="before"><![CDATA[
test
]]></add>
</operation>
</file>
</modification>
Добавит тестовый текст перед выводом доставок.
Модификатор:
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<modification>
<name>test</name>
<version>1.0</version>
<author>test</author>
<link>test</link>
<code>test</code>
<file path="catalog/view/theme/default/template/checkout/shipping_method.twig">
<operation>
<search><![CDATA[
<div class="buttons">
<div class="pull-right">
<input type="button" value="{{ button_continue }}" id="button-shipping-method" data-loading-text="{{ text_loading }}" class="btn btn-primary" />
</div>
</div>
]]></search>
<add position="after"><![CDATA[
test
]]></add>
</operation>
</file>
</modification>
Ничего не добавит. Устранение переносов ничего не дает. Если есть версии, прошу напишите, всем будущим читателям будет очень полезно.