Я придумал такой выход из ситуации: 1) файл catalog\controller\common\header.php (массив $data['categories'][] = array() ) в нем есть ключ 'href'. Было
'href' => $this->url->link('product/category', 'path=' . $category['category_id']) заменил на
'href' => substr_replace($this->url->link('product/category', 'path=' . $category['category_id']),"category/",15,0) где 15 -это кол символов в домене
2) файл catalog\controller\common\seo_pro.php было
// Decode URL
if (!isset($this->request->get['_route_'])) {
$this->validate();
} else {
$route_ = $route = $this->request->get['_route_'];
заменил на
// Decode URL
if (!isset($this->request->get['_route_'])) {
$this->validate();
} else {
$mystring = $this->request->get['_route_'];
$findme = 'category/';
$pos = strpos($mystring, $findme);
if ($pos === false) {
$route = $this->request->get['_route_'];
$route_ = $this->request->get['_route_'];
}else{
$route = str_replace("category/", "", $this->request->get['_route_']);
$route_ = str_replace("category/", "", $this->request->get['_route_']);
}
и 3) в файле \catalog\controller\product\category.php
где есть ключ массива "href" заменил на такой формат
'href' => substr_replace(старый url,"category/",15,0)
