Решение: я не привык пользоваться PHP в режиме CGI/FastCGI, так-как везде в основном использую PHP в режиме Apache 2.0 Handler, а php.ini текущей дирректории доступен только в режиме CGI/FastCGI, для Apache режима есть .htaccess со своими php флагами. Дело в том, что php.ini текущей дирректории это совсем не тоже самое что .htaccess. В htaccess происходит исправление базовой конфигурации php.ini, которая грузиться несмотря ни на что. А в php.ini тек.дирректории происходит конфигурирование всего PHP, по этому если какого-то парраметра в нём нет, то устанавливается то, которое определено в PHP по умолчанию. Естественно парраметр session.save_path, который отвечает за переменные сессии, по умолчанию пустой, по этому переменные сессии в дирректории с php.ini отличались, так-как сессия этой дирректории сохранялась где-то в другом месте, отличном от того, который явно указан в главном php.ini данного сервера, а ведь все другие дирректории без файла php.ini использовали для сессий именно тот путь, который указан в главном php.ini.
ravilr - извини если нагрубил, я вижу твоё желание помочь