Есть,порешал этот вопрос. Если вдруг кому-то интересно как или тоже собирается так сделать то делаеться следующим образом: В контроллерах тех шаблонов, где вывод каноничных ссылок не нужен, просто удаляеться(или комментируется) строчка кода, где присутствует слово 'canonical' (в каждом контроллере она только одна). В листинге же,что бы эти каноничные ссылки выводились только начиная со второй страницы, надо в контроллерах category.php и manufacturer.php просле строки(может будет работать и до этой строки, я лично не проверял):
$data['results'] = sprintf($this->language->get('text_pagination'), ($product_total) ? (($page - 1) * $limit) + 1 : 0, ((($page - 1) * $limit) > ($product_total - $limit)) ? $product_total : ((($page - 1) * $limit) + $limit), $product_total, ceil($product_total / $limit));
создать элементарное условие:
if ($page >= 2) {}
и перенести внутрь этого условия
$this->document->addLink($this->url->link('product/category', 'path=' . $this->request->get['path']), 'canonical');
и
$this->document->addLink($this->url->link('product/manufacturer/info', 'manufacturer_id=' . $this->request->get['manufacturer_id']), 'canonical');
соответственно. Для тех кто спрашивал, зачем это все надо и почему именно так должно быть отвечаю - так сказали СЕОшники, правы они или нет,судите сами, мое дело было удовлетворить их требования. Единственный минус данного решения - каноничная ссылка так же перестает отображаться на страницах с приставкой в URL "page=1", хотя должна.Но СЕОшники сказали, что уже этот момент они смогут решить сами. Поделился данной информацией чисто в познавательных целях,возможно кому-то это будет полезно, поэтому прошу не холиварить и не кидаться какашками тех, кто не считает данное ришение правильным.