Бутстрап мешает, так как все стандартные элементы (заголовки, кнопки, инпуты, таблицы) при попиксельной верстке придется переверстывать.
Плюс, если например, левая колонка в шаблоне будет шириной 300px а сетка товаров должна быть в 5 колонок по 110px, то придется писать свой код сетки, так как бутстрап подразумевает одинаковые колонки, которых должно быть 2,3,4,6 или 12.
Проще написать с нуля css.
Бэм, по-моему мнению, дает сложночитаемый код, я уже выше описал. Хтмл-разметки нужно намного больше, вносить правки дольше.
Насчет LESS и CASS возможно погорячился, на фоне работы с последним шаблоном http://demo.kulerthemes.com/structure/catalog/view/theme/structure/stylesheet/stylesheet.css.map у которого 25 less-файлов. Все мозги мне вынес.Небольшая правка кнопки превратилась в увлекательный квест :ugeek: